自西元20XX年，人(🐽)类从肯亚图尔卡(kǎ )(🔼)纳湖的湖(😘)畔挖出(🛍)了一(🕰)个名叫索(🎺)哈(hā )尔(Zohar)的物体之后(🥩)，便开始对它进(jìn )行研究，后来(lái )有人重(chóng )建出(chū )来所谓(🔸)的(de )“神(shén )(🤷)之语言”，并建立(lì )电(✳)脑程(chéng )式(🛹)以启动原(yuán )始(🕌)索哈尔，进行和(hé )上(shàng )位领域的U-DO(上(shàng )(🤯)位领域(🤷)当中的红色波(📎)动(dòng )存在)连结(📯)的连结实(😞)验，但很(hěn )不幸地，从(cóng )上(🥎)位领(lǐng )(💻)域(🗞)流入下位领(🐑)域的(🙌)能量(🤸)造(zào )成了(㊙)事象变(biàn )移，使地(dì )(⏰)球(游戏中所谓的(🔔)“失(🤲)落耶路撒冷”)几乎(🎋)完从从(🐀)宇(🧟)宙中“消(⚾)失”，人类(🤘)因(yīn )而被迫逃亡，离(🍑)开地(🛎)球。　　到了四千年多后，在故(🥋)事开始前十五的T.C.4753年，米(mǐ )尔(ěr )奇亚行(😙)星(Miltia)爆发了(le )(💸)所(suǒ )谓(wèi )的米尔奇亚冲突事件，在此(🐖)次事件(🔫)当中，米尔(ěr )(📞)奇(qí )亚行(háng )星的(🍁)人类(👛)疑似遭到了格(🚻)诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲(chōng )突事(shì )件后(🏸)消失，但事件的真相却(🔬)因为(wéi )米尔奇亚的消失而不(👼)为人知。在事(shì )件后，启(qǐ )(🛌)动原始索哈尔(ěr )(🐇)（后(hòu )来人类(lèi )制造(zào )出了十二具索哈尔模拟体(tǐ )，因此原有的索哈(🏁)尔就(jiù )被(bèi )称之为原始索哈尔(ěr )(😙)）所需的神之(🥈)语言、原(🌽)始索(suǒ )哈尔的研究成(chéng )(🔰)果、(🏉)米尔奇(qí )亚的U.M.N.座(zuò )(🏓)标等事(shì )物，都(📛)被封存在(🥈)Y资(🍏)料当中，而(⛄)Y资(zī )料又被(bèi )封存在百式(shì )观测(cè )用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识(shí )内，然而这(zhè )(🈲)么做却(🎆)引起了(🐔)各(🔦)方(fāng )势力(lì )对M.O.M.O.的争(zhēng )夺，因此(cǐ )星(xīng )团联邦政府(游戏(xì )中统治各行星的(💼)政府，英文名(💻)Galaxy Federation)雇(🏺)了一(👌)个(✒)名(míng )叫Ziggurat 8的(🌵)生(🏃)化人(Cyborg)，以保护(🧗)M.O.M.O.的(📑)安(ān )全。　　另一方面，在米尔奇(qí )亚冲突事件结(🚌)束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始(shǐ )(💽)的时候，当时最大(dà )的企业贝克(🛀)达(🈳)公司(👄)以对抗(💁)格(🔢)诺(nuò )西斯侵扰(rǎo )的名义(⭕)，进(jìn )行(háng )对格(📐)诺西斯(sī )用(yòng )战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但(🗼)和当时多(🤜)使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况(kuàng )所不同(💴)的(de )(⚾)是(shì )，KOS-MOS是个纯(chún )粹的(de )机械制(zhì )品。另一(🈁)方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计(jì )划的(de )贝克达公司第一开(kāi )发(fā )(🙃)局研究人员卯月紫苑，正乘着(zhe )当(dāng )(🛹)时(shí )载有还(hái )没正式(⬇)启动(dòng )的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到(dào )(🏹)其太(tài )空船(chuán )却(🏺)被冲著(zhe )索(✨)哈尔(😙)而来的(de )格(🖐)诺西斯所(🐥)攻(gōng )击，而(ér )KOS-MOS也在此时(🐉)突(tū )然(rán )启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯(🖇)及索哈尔有关(⏺)的阴谋，以及会(huì )改变人类命运的事件当(dāng )中…(👃)…