自西元20XX年(⛲)，人类从肯(kěn )亚图(tú )尔卡纳湖(🃏)的湖畔挖出了(🔱)一(yī )个名叫(jiào )索哈(🔧)尔(ěr )(Zohar)的物(wù )(🏴)体(🗼)之后，便开始对它进行研(🎏)究，后(🏇)来有人重(chóng )(🚤)建出来所谓(🔸)的“神(🤷)之语言”，并(bìng )(👁)建立电(diàn )脑程(chéng )式以启动原始(shǐ )索哈尔，进行和上位领(lǐng )(🙁)域的(de )U-DO(上(shàng )位领域(yù )(🤷)当中的红色波动(dòng )存(cún )在)连(lián )结的(de )连结实(shí )(😞)验，但很(💱)不幸地(🎛)，从上位领(💻)域流(🙂)入下(xià )位领域的(de )(🙌)能量造(🌞)成了事象(🙀)变移，使地球(游戏中所谓(🧤)的“失落耶路撒冷”)几乎(hū )完从从宇宙中“消(xiāo )失”，人类因而被迫逃亡，离(lí )开(👊)地球(qiú )。　　到了四千(qiān )年多后，在故事开(kāi )(🃏)始前十五的T.C.4753年，米(🈺)尔奇亚行星(Miltia)爆(bào )发(fā )了(le )所谓的米尔(🔞)奇(🏴)亚冲突(tū )事(shì )件(jiàn )，在此次事件当中(🔥)，米尔奇亚行(🚽)星(🎐)的(🍁)人类疑似遭到了格(🚻)诺西斯(Gnosis)的攻击，并在(😉)冲(🚤)突事件后消失，但事(shì )件的真相却因(yīn )为米(🌲)尔奇亚(yà )的消失(shī )而不为人知(zhī )。在(zài )事(shì )件后，启动原始索哈尔(🐇)（后来人类(🍉)制(zhì )造出了十二具索(🏖)哈(🍝)尔模(mó )拟体，因此(cǐ )原(yuán )有的索哈尔就被称(chēng )之为(😄)原始(shǐ )索哈尔）所需(🐼)的神(shén )之语言、原始索哈(🎇)尔的(de )研究成果、米尔奇亚(yà )的U.M.N.座标等事(shì )物，都(dōu )被封(😛)存(🏺)在Y资(zī )料当中(zhōng )，而Y资料又被(bèi )封存(cún )在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意(🤬)识(shí )内，然而这么(me )做却引起了(🐔)各方势力对M.O.M.O.的(💙)争夺，因此星团联(😍)邦(bāng )政府(fǔ )(📒)(游戏中统(😋)治各(gè )(⤴)行星的(💼)政府，英(yīng )(🎅)文名(míng )Galaxy Federation)雇(gù )(🏺)了一(👌)个名(🔷)叫Ziggurat 8的生化(🚇)人(😀)(Cyborg)，以保(bǎo )护(hù )M.O.M.O.的安全。　　另一(yī )(✝)方面，在米尔奇(qí )(🔷)亚冲突(tū )事件结束后(hòu )的十几年，也就是(shì )大(dà )约(yuē )在游戏EPI开始的时候，当时(shí )(🈶)最(📮)大(dà )的企业贝(🔅)克达公司以对抗格诺西斯侵(🥑)扰(rǎo )的名(míng )(🔵)义(yì )，进行对(🎑)格诺西斯用(yòng )战斗(dòu )(👵)兵器(🐆)KOS-MOS的(de )开发计(🔹)划(🔨)，但(dàn )和(🀄)当时多使用(yòng )合(🚝)成人(rén )(Relian)与(📢)生(shēng )化人(📰)(Cyborg)的(de )(🚁)情(qíng )况(🗣)所不同的(⚾)是，KOS-MOS是个纯粹(🧜)的机械制品。另一方面，在(📼)EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划(huá )的(🧔)贝克(kè )达公司(🔛)第一(😿)开(〰)发局(👺)研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太(🍶)空船进(📚)行旅途。但没想到(dào )其太(tài )(🛵)空船却被冲著索哈尔而来(lái )的格(🖐)诺西斯(❎)所(suǒ )(🐥)攻(gōng )击，而KOS-MOS也(yě )在此(cǐ )(🔥)时突然启(✏)动，卯(mǎo )月紫苑(yuàn )因而被卷入(rù )一连(✝)串(🍯)和格(gé )诺西斯及索哈尔有关的阴(🎿)谋，以及会改(🌓)变人类命(🍮)运的事件当中……(🥇)