自西元(yuán )20XX年，人类从肯亚(yà )图尔卡纳湖(hú )的湖(hú )(😘)畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的(🔬)物体之后，便开始对它进行(🎲)研(yán )究，后(hòu )来(♑)有(yǒu )(📼)人(😎)重(🚤)建(🖲)出来所谓的“神之语言(yán )”，并建立电脑程式(🛹)以启动原始索(🛺)哈(hā )尔(🎿)，进行和(😚)上位领域的(de )U-DO(上位领域当(🔊)中的红(hóng )色波动(dòng )存在)连结的连结实验(yàn )(🖲)，但很(hěn )(💱)不幸地(dì )(🎛)，从上(🥎)位领域(yù )流入下位领域的(de )(🙌)能量造成了事象变(biàn )(🙉)移，使地球(游戏中所(👃)谓的“失(shī )落耶路(😍)撒冷”)几(jǐ )乎完(🥕)从从(cóng )宇宙中“消失(🕯)”，人类因而被迫逃亡(🏉)，离开地球(💍)。　　(🦇)到了(le )四(sì )千年多(🌹)后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(xīng )(Miltia)爆发了(💸)所谓(wèi )的(🍽)米尔奇亚冲突事件，在(👄)此次(🆙)事件当中，米(🌸)尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西(xī )斯(Gnosis)的攻击，并在冲突(tū )事(shì )(🍹)件后(🏸)消(❄)失，但事件(jiàn )的真相却因为(🔍)米尔奇亚的消失(shī )而(💛)不为人(rén )知(⛅)。在(✒)事件后，启(🛌)动(🍾)原(yuán )始(shǐ )索哈尔（(♊)后来(🔍)人类制造(zào )出了十二具索哈尔模拟体，因此原(🈺)有的(de )索哈(hā )尔(🍏)就被称之(🍗)为原始(shǐ )索哈(hā )尔）所需的(🕤)神之语(🖥)言、原(yuán )始索(🏒)哈尔(🎆)的研究成果、米尔奇亚的(de )U.M.N.座标等(děng )事物，都(dōu )被(🏫)封(fēng )存(cún )在(zài )Y资(🍏)料(liào )当(🤙)中，而Y资料又被封存(💍)在百式观测(🆕)用(😫)合成人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意识(shí )(🚖)内(👉)，然而(ér )这么做却引起了各方势力对(duì )(📻)M.O.M.O.的争夺，因此星团联(lián )邦政府(游戏(xì )中(📦)统治各(⤴)行星的(💼)政府，英(🎅)文名Galaxy Federation)雇了(😓)一(yī )个名叫Ziggurat 8的生化人(😀)(Cyborg)，以保(bǎo )护M.O.M.O.的安全(🔝)。　(😇)　另一(✝)方面，在米(mǐ )尔奇亚冲突事件(jiàn )(🥩)结(jié )束后的十几年，也就是大(dà )约在游(⏭)戏EPI开始的(🚱)时候(hòu )，当(dāng )时(shí )最大的(de )企(qǐ )业(🏜)贝(🔅)克达(dá )公司以对(duì )抗格(🔢)诺西斯侵扰的(de )名义，进(jìn )行(háng )对(🎑)格诺西斯用战(🙈)斗(👵)兵(bīng )器KOS-MOS的开发计(jì )划(huá )，但(🗼)和当时多(duō )使用(🍚)合(hé )成(🙂)人(Relian)与生(shēng )化人(rén )(Cyborg)的情况所不同(tóng )的是(shì )(✡)，KOS-MOS是个(gè )纯(🔪)粹的(🔢)机械制品。另(📥)一(yī )方面，在(📼)EPI开始时，参(cān )与KOS-MOS开发计(jì )划的贝克达公司第一(😿)开发局研究人员卯月(yuè )紫(zǐ )苑，正乘(chéng )着当时(🥪)载有还(hái )没(méi )正(🚲)式(shì )启动的KOS-MOS的Woglinde号太空(kōng )船(👯)进行旅(lǚ )途(🖱)。但没想到其太空船(chuán )却被冲著索哈尔(😙)而(👫)来的格(gé )诺西斯所(suǒ )攻(👼)击，而(ér )KOS-MOS也(🎶)在此时突(🏳)然(rán )启动，卯月紫苑因而(ér )被卷(💝)入一连串和格诺(㊙)西斯(🖇)及(jí )索哈尔有关的阴谋，以及会改变人(rén )类(lèi )命运的事件(jiàn )当中……