自西元20XX年，人类(🥇)从肯亚图尔卡(🔼)纳湖的(🕋)湖畔挖出了一个名(🤴)叫(🍥)索哈尔(Zohar)的(de )物体之(zhī )后，便开(🎾)始(📿)对(duì )它进行研究(jiū )，后来(lái )有人重建(🖲)出来所谓的“神之语(🛍)言”，并(bìng )建(🙍)立电(✳)脑(🔲)程式以启动原(🐖)始索哈尔(ěr )，进行和上位领域的U-DO(上(shàng )位(wèi )领(🐖)域当中的红色波动存(🚣)在)连结的连结实验，但很(💱)不(🦗)幸地，从上位领域流入(rù )下位领域的能(🤠)量造(zào )成(🙄)了(㊙)事象变(biàn )移，使(shǐ )(🎾)地球(🈴)(游戏中所谓的“失落耶(⛳)路撒冷”)几乎完从(cóng )从(cóng )宇(yǔ )宙中“消失”，人类因(yīn )而被迫逃亡，离开地(dì )球。　　到(😊)了四(sì )千年多(🌹)后，在故事开始前十(shí )五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(xīng )(Miltia)爆发(fā )了所(🥅)谓的(de )米(mǐ )(🏃)尔奇亚冲突(tū )事件，在(👄)此次事(shì )件当中，米尔奇亚(yà )行星的人类疑似遭到(🎦)了格(gé )(🚻)诺西斯(sī )(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消(xiāo )失，但(dàn )事件的(de )真(🈳)相却(què )因为(🔍)米尔(ěr )奇亚的消失(🖱)而(💛)不为人知。在事件后，启动原始索(🚓)哈尔（后来人类(lèi )制造(zào )出了十二具索哈尔模(🍈)拟体，因(yīn )此原(🈺)有(yǒu )的(🔝)索哈尔(ěr )就(😻)被称之(🍗)为原(🤠)始索哈尔）所需的(🕤)神之语言、原始索哈尔的研究成果、(🏉)米尔(ěr )(📳)奇亚的U.M.N.座标(⏩)等事物(wù )，都被(bèi )封存在Y资(zī )料当中，而Y资料又(🎛)被封(fēng )存(cún )在百(🔭)式观测用(😫)合(hé )成人(Relian)M.O.M.O.的(de )意(🤬)识内(nèi )，然而这么做(zuò )却(què )引(yǐn )起(qǐ )了各方势(🚬)力对M.O.M.O.的争夺，因此(🚄)星(xīng )团联邦政(zhèng )府(游戏(xì )中统(tǒng )(😋)治(zhì )(🎁)各行星(xīng )的政府，英文(wén )(🚰)名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生(shēng )化(🚇)人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的(de )安(ān )全(🔝)。　　另一方面，在(zài )米尔奇亚冲突事件(🥩)结(🚌)束后的十(shí )(📀)几年，也就是(🚇)大约(yuē )在(📘)游(⏭)戏(🐺)EPI开始的(de )时候(🍶)，当时最(📮)大的(📂)企(🚔)业贝(bèi )克(🛀)达(🈳)公司以对抗格诺(nuò )西斯(sī )侵扰的(de )名义，进行对格(gé )诺西(🔹)斯(sī )用(😞)战斗兵器(🐆)KOS-MOS的开发(fā )计划，但和(🀄)当时(shí )(🕰)多(duō )使用合成(chéng )(🙂)人(rén )(Relian)与生化人(Cyborg)的(🚁)情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹(cuì )的机(jī )械(🍺)制(🔰)品。另一方(fāng )面，在(📼)EPI开(😛)始时，参与KOS-MOS开发计划的(de )贝克(🙊)达(dá )公司第一开发局研究人(rén )(😯)员(🎯)卯(🚃)月紫(🕤)苑，正乘(chéng )着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进(jìn )行旅(lǚ )途。但没想到其太空(📛)船(chuán )却被冲(📔)著索哈尔(😙)而(👫)来的格(🖐)诺(📎)西斯所攻击，而KOS-MOS也在(zài )此时突(🏳)然(🏾)启动(dòng )，卯月紫(😐)苑因而被(🚽)卷入(🤕)一连(lián )串和格诺西(xī )斯(sī )及索哈尔(🔐)有关(⏺)的阴谋，以及(jí )会改变人(✖)类命运(yùn )的事(shì )件当(dāng )中……