自西元20XX年(nián )(⛲)，人类从肯亚图尔卡纳湖(hú )的湖(😘)畔挖出(🛍)了一个(gè )(🤢)名叫索哈尔(ěr )(Zohar)的物体之后(hòu )，便(😧)开始对(🌫)它(tā )进(jìn )行研究(jiū )，后来有(📼)人(rén )重建出(⚫)来所(suǒ )谓(wèi )的“神之语言(🎡)”，并建立电脑程式以启动(🚥)原始索哈尔(ěr )，进(jìn )行(🗑)和上(shàng )位领域(😻)的U-DO(上(🤯)位(wèi )领(lǐng )域当中的红色(sè )波动存在(🔩))连(🌚)结的(🚨)连结实验，但很不(🦗)幸地，从上位(🥔)领域流入下位(wèi )领域(🏂)的能量造(🌞)成了事象(🙀)变移(💪)，使地球(游戏中所谓的“失(🤲)落耶路撒冷(lěng )”)几(jǐ )乎完从从(🐀)宇宙中(🧣)“消失”，人(🗳)类因(yīn )而(❕)被(bèi )迫(pò )逃亡，离(🍑)开地(dì )球。　　到了(le )四千年(🐛)多后，在故(🥋)事开始前(qián )十五的T.C.4753年，米(mǐ )尔(🤔)奇亚行(háng )星(🤥)(Miltia)爆(bào )发了所谓的(de )米尔(🔞)奇亚冲突(tū )事件，在(zài )此次事(shì )件当中，米尔奇(qí )亚行星的(de )人类疑似遭(👗)到了(le )格诺西(xī )(🔪)斯(sī )(Gnosis)的(📬)攻(gōng )击，并(bìng )在冲(🚤)突事件后消(xiāo )失(💁)，但事(shì )件的真相却(què )因为米尔奇亚的消失(shī )而(💛)不为(😲)人知。在事件后(🙅)，启动原始(🎞)索哈(📯)尔（后来人类制造出(🐣)了十(shí )二(èr )具(⛎)索哈尔(🐸)模拟体，因此原有(yǒu )的索哈尔就被称(chēng )之为原始索哈(😂)尔）所需(xū )的(de )神之语(yǔ )(🖥)言、原始(👅)索哈(🎇)尔的研(🦄)究成果、米(🌸)尔(ěr )奇亚的U.M.N.座标等(děng )事物，都被(🏫)封存在Y资料当中(zhōng )，而Y资料又(yòu )被(🍆)封(💽)存(cún )在百式(🙇)观测(🆕)用(😫)合成(💓)人(rén )(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引(🖨)起了各方势力对M.O.M.O.的(💙)争夺(📧)，因此星团联邦(bāng )政府(游(⏫)戏中(zhōng )统治各行星的政府(fǔ )，英文名(💻)Galaxy Federation)雇了一(yī )个名叫Ziggurat 8的(de )生化人(😀)(Cyborg)，以(yǐ )保护M.O.M.O.的安全。　(😇)　另一方(🐩)面(miàn )(🗒)，在米尔(ěr )奇亚冲突事(🍀)件结(jié )束(shù )后的十几年(♈)，也就是大(dà )约在游戏EPI开始(💽)的时(shí )候，当(dāng )时最(zuì )大的企(qǐ )业(🏜)贝克(🛀)达公司以对抗格诺西斯侵(qīn )扰的(de )名义(⭕)，进行对格诺西斯用战(🙈)斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和(hé )当(🎴)时多使用合成人(Relian)与生化(huà )人(Cyborg)的(🚁)情况所(suǒ )不同(tóng )的是，KOS-MOS是(shì )个(🈷)纯粹的机(🚊)械制(🔰)品。另(lìng )一(yī )方面，在(📼)EPI开(😛)始时，参(🥐)与KOS-MOS开(🐢)发计划的(🧔)贝(👪)克达公司第(🗝)一开发局研究人(rén )员(yuán )卯月紫苑(😫)，正(zhèng )乘着当时(shí )载(🐕)有还(hái )没正(🚲)式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进(jìn )行(háng )旅途。但没想到其太空船(chuán )却被(bèi )冲(📔)著索哈尔而来的格诺西斯(sī )所攻击，而KOS-MOS也(yě )在此时突(🏳)然启动，卯月紫(😐)苑因而(ér )被卷入(rù )一(yī )连串(🍯)和格(🌳)诺(nuò )西斯及索(💳)哈(👲)尔有关的阴谋(móu )，以及会改变人(✖)类命(mìng )运的事(🆔)件当中……