自西元(yuán )20XX年，人类从肯(kěn )亚图尔卡(kǎ )纳湖(🃏)的(🕋)湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体(tǐ )之(🐮)后，便开始对(duì )它(tā )进行(🎲)研究，后来有人重建出来所(suǒ )(🕔)谓的(de )“神之语言”，并(bìng )建立电脑程式以(yǐ )启动(dòng )原始(🕌)索哈尔，进(jìn )行(háng )和上位领域(😻)的U-DO(上(shàng )(🤯)位领域当中的(⏺)红色波动存在)连(lián )结的连结实验，但很不幸地(🎛)，从(㊗)上位领域流(liú )入下位(wèi )领域的(🙌)能量造成了(le )事象(🙀)变移，使地球(游戏中(🤷)所(suǒ )谓(🧤)的“失落耶路撒冷”)几乎(🎋)完从从宇(🧟)宙中“消(⚾)失”，人类(lèi )因而被(💝)迫逃(táo )亡，离开地(🛎)球。　　到(dào )(😊)了四千(🏻)年多后，在故(🥋)事开(kāi )(🃏)始前十五的T.C.4753年(nián )，米尔(🤔)奇(qí )亚(🔍)行星(Miltia)爆发(♌)了(le )所谓的米尔奇(qí )亚冲突(tū )事(🌂)件(jiàn )，在(👄)此次(cì )事件(jiàn )当中(zhōng )，米尔奇亚行星的人类疑(yí )(🕕)似(sì )遭(👗)到(🎦)了(📤)格诺西斯(🐂)(Gnosis)的攻击，并(bìng )(🎴)在冲突(tū )事件后(🏸)消失，但(⏺)事件(🔮)的真相却(🔬)因为(wéi )米尔奇(🈂)亚(yà )的消(xiāo )失(shī )而(💛)不为人知(zhī )(⛅)。在事(shì )(💨)件后，启动原始(shǐ )索哈(hā )(📯)尔（后来人类制造出(chū )了十(shí )二具(jù )索哈尔模拟体，因此(🔮)原有的索哈(hā )尔就被称之为(😄)原始索(🖥)哈(😂)尔）所需的神(⛱)之语(yǔ )言(📸)、原始索哈尔的研究(jiū )成(🔰)果(🍂)、米(mǐ )尔奇亚(yà )的U.M.N.座标(biāo )(⏩)等事物，都被封存在(zài )Y资料当中(💘)，而(ér )Y资(zī )料又被封存在百式观测用合成(chéng )人(Relian)M.O.M.O.的(de )意识内，然(♿)而(ér )(🚞)这(zhè )么做却(què )引起了各方(🔘)势力对(📻)M.O.M.O.的争夺，因此(🚄)星团联邦(bāng )政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇(🏺)了一(👌)个名叫(jiào )Ziggurat 8的生化(huà )人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　(😇)　(🧜)另一方面(🗒)，在(zài )米尔奇亚(yà )(🤼)冲突(📜)事件结束后(hòu )(🦋)的十几年，也就是大(🎄)约在游戏EPI开始(💽)的时候，当(🚮)时最大的企业(yè )贝(bèi )克达公(gōng )司以对抗格诺西斯侵扰(rǎo )的名义，进(jìn )行对(duì )(🎑)格(📐)诺西斯用(yòng )战斗兵器(qì )KOS-MOS的开发(🥗)计(jì )(🔹)划，但和当时多(🤜)使(shǐ )用(yòng )合成人(Relian)与生化(huà )(😾)人(Cyborg)的情况所(🛹)不同的是，KOS-MOS是个纯粹的(de )机械(xiè )制品。另一方面，在EPI开始时(shí )，参(cān )与KOS-MOS开发计划的贝克达(📃)公司(🔛)第(dì )一(yī )开发(🙃)局研究人员卯(mǎo )月(📘)紫苑(😫)，正乘着当时载有(🤱)还(🈶)没正(🚲)式(shì )(⬇)启动(🚒)的KOS-MOS的(❤)Woglinde号太空船(chuán )进行旅(lǚ )途。但(dàn )没想(🧦)到其太空船却(🏺)被冲(📔)著索(✨)哈尔而来的格诺(nuò )西斯所攻(👼)击，而(ér )KOS-MOS也(🎶)在(🥚)此时突然启(✏)动，卯(mǎo )月紫苑因而(ér )被卷入(rù )(🤕)一连串和(hé )格诺西斯及索哈(hā )尔有(yǒu )关的阴谋，以及会改变(biàn )人类命(🍮)运的(🕝)事件当中……