自(🈯)西元20XX年，人类(lèi )从(📼)肯(kěn )亚图(🐌)尔卡(kǎ )纳湖的湖畔(pàn )挖出了一个名(míng )叫索哈尔(Zohar)的物体(tǐ )之后，便开始对(duì )它进行研究，后(🏇)来有人重建(jiàn )出来(🐿)所谓的“神之语言”，并(bìng )建立电脑(🔲)程式以启动原始索哈尔(🎿)，进行和上位(✖)领域的U-DO(上位领域当中的红色(🌙)波动(🧚)存在)连(lián )结的(🚨)连结(⏯)实验，但很不(🦗)幸地，从(cóng )上(shàng )(🥎)位领域(🗞)流(🙂)入下位(wèi )领域(🏂)的能量造(🌞)成了事(shì )象变移，使地球(🈴)(游戏中所谓的“失(🤲)落耶(yē )路撒冷”)几乎(🎋)完从从宇(yǔ )宙(🚴)中“消(xiāo )失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。　　到了(le )(🈸)四千年多后(hòu )，在故事开始(🌪)前十五(🚶)的T.C.4753年，米尔奇(qí )亚(🔍)行(háng )星(Miltia)爆发了(le )(💸)所谓的米尔(ěr )奇(qí )亚冲突事件(jiàn )，在此次事件当中(zhōng )，米尔奇亚行(háng )星的人(🔲)类(👛)疑(🕕)似(sì )(😳)遭到了(le )格(🚻)诺(🍺)西斯(Gnosis)的攻击，并(bìng )在冲突事件后消失，但(⏺)事件(jiàn )的真相却因为米(🌲)尔奇亚的消失而不为人知(⛅)。在事件(jiàn )后，启动原始(🎞)索哈尔（后来人(rén )类制造(🏆)出了十二具索哈(hā )尔模拟体，因此原(yuán )有(♟)的索(🦐)哈尔就被(♈)称之为(😄)原(🤠)始(shǐ )索哈(hā )尔(😙)）所(👧)需(xū )的神之(🥈)语(yǔ )言、原始索哈尔的研究成果(guǒ )、(🏉)米尔奇亚的U.M.N.座标等事(shì )物，都被封(fēng )存(🏺)在(zài )Y资(zī )(🍏)料当中，而Y资料又被封(fēng )存在百(🔭)式观测用合成(chéng )(💓)人(Relian)M.O.M.O.的(de )意识内，然而这么做却引起了各方势(shì )力(lì )对M.O.M.O.的(de )争夺，因此星团联邦政(zhèng )府(游戏(🙎)中(zhōng )统治(🎁)各行星的(de )政(zhèng )(🗄)府，英(yīng )(🎅)文名(míng )Galaxy Federation)雇(gù )(🏺)了一个名叫(jiào )Ziggurat 8的(🌵)生化人(Cyborg)，以保护(hù )M.O.M.O.的安全。　(😇)　另(lìng )一方面，在米尔奇(🔷)亚冲(chōng )突事件结束后(hòu )的(😄)十几年，也(🏄)就是大约在游(yóu )戏EPI开(👮)始(shǐ )的时(🥐)候，当(dāng )时最(zuì )(📮)大的(📂)企业贝(bèi )(🔅)克达公(😌)司(👄)以对抗(kàng )格诺西斯侵扰的名(🔵)义，进行对格(gé )诺(🥂)西(🔹)斯用战斗兵器KOS-MOS的开(🔀)发计(🔹)划，但和当时多使用(🍚)合成人(Relian)与生化(huà )人(Cyborg)的情况所不(bú )(🗂)同的(de )是，KOS-MOS是个纯粹的机械(🍺)制(🔰)品。另(lìng )一(yī )方(😣)面(miàn )，在EPI开(😛)始时，参(cān )与KOS-MOS开发(💺)计划的(de )(🧔)贝(bèi )克达公(gōng )司第(🗝)一开发局研(🔼)究人员卯(mǎo )月紫苑(😫)，正(zhèng )乘着当时载有还(hái )没(🧀)正式启动的(de )(🌨)KOS-MOS的(de )Woglinde号太空(kōng )(🧛)船进(jìn )(📚)行旅途。但没想到其(qí )太(🛵)空船却被(bèi )冲(chōng )著索哈尔而来的格(🖐)诺西(xī )(🏗)斯(sī )所攻击，而(ér )KOS-MOS也在此时突(tū )然启动，卯月(yuè )(🏆)紫苑因而被卷入(🤕)一(yī )连串和(hé )(🔙)格(gé )(🌳)诺(nuò )西斯(🖇)及索哈(👲)尔有关的阴谋，以及会改(🌓)变(🌂)人(rén )类(lèi )命运的事件当中……