自西元20XX年，人类从肯(kěn )亚图(tú )尔卡(🔼)纳湖的湖畔挖(wā )出(🛍)了一(yī )(🕰)个名叫索哈尔(ěr )(🎗)(Zohar)的物体之(zhī )后，便开始对它(tā )进行研(🎏)究，后来有(yǒu )人(rén )重建出来所(suǒ )谓的“神(shén )之语(🛍)言”，并(👁)建立电脑程式以启(🏐)动(dòng )原(🐖)始(shǐ )(🕌)索(🛺)哈尔，进行和上位领(lǐng )域的(de )U-DO(上位(😱)领(🐖)域(yù )(🤷)当中的(⏺)红(hóng )色波动(dòng )存在)连结的连结(jié )实验，但很(💱)不幸(🌑)地，从上(🥎)位领域流(liú )入下位领域的能(🤠)量(🤸)造(zào )(🌞)成了事象(🙀)变移(💪)，使地(dì )(⏰)球(游(yóu )(⛏)戏中所(👃)谓的“失落耶路(lù )撒冷”)几乎(hū )完从从(🐀)宇宙中“消失”，人类(🤘)因(yīn )(🈁)而被迫逃亡，离开地(🛎)球。　(🐾)　(🦇)到了四千年多后(⛏)，在故事开(kāi )始(shǐ )前十五的T.C.4753年，米(mǐ )尔奇(qí )亚行星(Miltia)爆(👵)发了(le )所谓的米尔奇亚冲突事(🌂)件，在此(cǐ )次事件(🔫)当(💣)中，米尔奇亚(yà )行星的人类疑似遭到了(le )格诺西斯(Gnosis)的攻(✖)击，并(🎴)在冲突事件(jiàn )后消失，但事件(🔮)的真(🈳)相却因为(🔍)米(mǐ )尔(💕)奇亚(🚪)的(🐌)消失(🖱)而(ér )不为人(rén )知(zhī )。在(✒)事件后，启动(dòng )原始索哈尔（后来人类制造(zào )出了十二具(jù )索哈尔模拟体，因此原有(yǒu )的索(suǒ )(🦐)哈尔(🍏)就被称之为(😄)原始索(🖥)哈尔）所需的神(⛱)之(🥈)语言、原(🌽)始索(suǒ )(🏒)哈尔(ěr )的研究成果、米尔(📳)奇(🍐)亚(yà )的U.M.N.座标等(🤳)事物，都(📛)被封存(cún )(🏺)在Y资料当中(zhōng )，而Y资料又被(bèi )封存(cún )在百式观测用(yòng )合成人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意识(🚖)内，然(rán )而(ér )这么(me )做却引起了各方势力对M.O.M.O.的(de )争夺，因此星(xīng )团联邦政(zhèng )府(游戏(🙎)中统治各行星的(💼)政府，英文(🚰)名(míng )Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生(shēng )化人(Cyborg)，以保(bǎo )(💃)护M.O.M.O.的安全。　　另一(✝)方面，在米尔(ěr )(👑)奇(qí )亚(🤼)冲突事件结束后的(😄)十几(jǐ )年，也(yě )就是(shì )大(🎄)约在游戏(xì )EPI开(kāi )(👮)始的(de )(🚱)时(shí )候，当时最大(dà )(📊)的企业贝克(🛀)达公司(👄)以(👻)对抗格诺西斯(sī )侵扰的(🤥)名义，进行对格诺西斯(sī )用战斗兵器KOS-MOS的(🧤)开发计(jì )划，但和当(dāng )时多使用(yòng )合成人(Relian)与生(shēng )化人(Cyborg)的(🚁)情况(kuàng )所(suǒ )不同的是(shì )，KOS-MOS是个(🈷)纯粹的机械(🍺)制品。另一(yī )方(😣)面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计(🛴)划的(🧔)贝克(🙊)达公司第一开(kāi )发局(jú )研究人员卯月紫苑，正乘着当(🛹)时载(zǎi )有(🤱)还没正式启动(dòng )(🚒)的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅(👥)途。但(♟)没(méi )想到(dào )其(qí )太空船却(què )被(bèi )冲著索哈尔(😙)而(👫)来的(😢)格(🖐)诺西斯所攻击，而(ér )KOS-MOS也在此时(shí )突(🏳)然启动，卯(mǎo )月紫苑因而被卷入一连(✝)串(🍯)和(hé )格诺(nuò )西(xī )斯(sī )及索哈尔有关的阴谋，以及会(huì )改变人类命运(yùn )的事(🆔)件当中(zhōng )……