自西元20XX年，人类(🥇)从肯亚图尔卡纳湖(🃏)的湖(😘)畔挖出了一个(🤢)名叫索(🎺)哈(hā )尔(Zohar)的物体(tǐ )之(zhī )后(hòu )，便开始对(duì )它(👋)进行研(yán )究，后来有人重(🚤)建出来所谓的“神(🤷)之(🗄)语言”，并建(jiàn )(🙍)立电(diàn )脑(nǎo )程式以启(qǐ )动原始(shǐ )索(suǒ )哈尔(ěr )，进行(🗑)和(😚)上位领(lǐng )域的(🚸)U-DO(上位领域当中(zhōng )的红色波动存在)连结的连结(⏯)实验(yàn )，但很不幸地(dì )，从上位领域(yù )(🗞)流入下(🔝)位领域的(🙌)能量(🤸)造(zào )成了事象(🙀)变(🙉)移，使地(⏰)球(🈴)(游戏(🥫)中(zhōng )所谓的(de )(🔔)“失落(luò )耶路撒冷(👺)”)几乎完从从宇宙(zhòu )中“消失”，人类(lèi )因而(ér )被迫逃亡，离(🍑)开(kāi )地球(💍)。　(🐾)　到了四千(🏻)年多(duō )(🌹)后，在故(gù )事(shì )开始前十五(wǔ )的T.C.4753年，米尔奇亚(🔍)行(háng )(😙)星(🤥)(Miltia)爆(bào )(👵)发(fā )(♌)了(💸)所(🥅)谓的米尔奇亚(yà )冲突(tū )事件，在此(cǐ )次(🆙)事件当中，米尔(ěr )(📞)奇(⏳)亚行星(xīng )的人类疑(🕕)似遭(zāo )到了格诺西(🔪)斯(Gnosis)的攻击(🕺)，并(bìng )在(😉)冲(chōng )突事(shì )件后消失(shī )，但(dàn )事(shì )(🧥)件的(👅)真相却因为米尔奇(qí )亚(🚪)的消失而不(bú )为人知(⛅)。在(zài )事件后，启(🛌)动(dòng )原始索(suǒ )哈尔(🐇)（后(hòu )来人(🏗)类制造(zào )出了十二具索哈尔模拟体，因此(cǐ )原(yuán )有(♟)的索(🦐)哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原(yuán )始(👅)索哈尔的(🌶)研究(🔂)成果、米尔奇亚的U.M.N.座(🏓)标等事物，都被封存在Y资(🍏)料当中，而Y资料又被封(💽)存(cún )在(zài )百(🔭)式(shì )观测用合(hé )成人(Relian)M.O.M.O.的意识内(nèi )，然(♿)而这么(😳)做却引(🖨)起了各(🔦)方势(🚬)力对M.O.M.O.的争夺(duó )，因此星团联邦政府(游戏(xì )中统(😋)治各行星的(💼)政府，英(yīng )文(wén )名(míng )(💻)Galaxy Federation)雇了(😓)一个名叫Ziggurat 8的生化(huà )人(Cyborg)，以保护(🧗)M.O.M.O.的安全。　　另(🥖)一方面(miàn )，在米尔奇亚(yà )(🤼)冲突(tū )事件结束后的(de )十(shí )几(🐑)年，也就是大约在游戏EPI开始的(🚱)时候，当时最大的(📂)企业贝克达公(gōng )司(sī )以对(duì )抗格(🔢)诺西(🧢)斯侵(🥑)扰的名义，进(jìn )行对格(📐)诺西(🔹)斯用战(zhàn )斗(👵)兵器KOS-MOS的(🧤)开发计划，但(🗼)和(hé )当时多使用(🍚)合成人(📌)(Relian)与生(shēng )化人(rén )(Cyborg)的情况所不同(tóng )的是(shì )(✡)，KOS-MOS是个纯粹(cuì )的机(jī )械制(zhì )品。另一(🈁)方面，在EPI开始时(shí )，参(🥐)与KOS-MOS开发(fā )计划的贝克达公司第一(😿)开(〰)发局研究人员卯(🚃)月紫苑(yuàn )，正乘着当时(shí )载有还没正式启动的KOS-MOS的(de )Woglinde号太空船(👯)进行旅途。但(dàn )没想到其(qí )太空船(chuán )(😾)却被冲著索(✨)哈尔而(ér )来的格(gé )诺西斯所攻击(jī )，而KOS-MOS也在此时突然(🏾)启动，卯(mǎo )(🍉)月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈(👲)尔有(⛲)关的阴(yīn )谋，以及会(huì )改变人类命运(🕕)的(de )事件当中……