自西(🕕)元20XX年，人类从肯亚图尔(ěr )卡(🔼)纳湖的湖畔挖出了一个名(míng )叫(jiào )索哈尔(Zohar)的(de )物(🏴)体之后，便开(kāi )始对它进(⏬)行(🎲)研(yán )究，后(hòu )(🏇)来(♑)有人(rén )重建出来所谓的“神之语言”，并建(jiàn )立电(✳)脑程式以启动原始索哈尔，进行和(hé )上位领域的(🚸)U-DO(上位领域(yù )(🤷)当中的红色(🌙)波动(dòng )存在)连(lián )结(jié )(📯)的(🚨)连结实(shí )验，但很不(bú )幸(xìng )地，从上位(🥔)领域流(🙂)入下位领域的能量造成了事(shì )象变(biàn )移，使地(dì )球(游戏中所(suǒ )谓的(de )“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇(🧟)宙中“消失(🕯)”，人(🗳)类因而被(bèi )(💝)迫逃亡，离开(kāi )地球(qiú )。　　到了四(sì )(➡)千年多后，在(👪)故(gù )(🥋)事(shì )开始前十五的(💹)T.C.4753年(nián )，米(mǐ )尔奇(📧)亚(🔍)行星(Miltia)爆发了(💸)所(🥅)谓(wèi )的米尔奇亚冲突事件，在此次(cì )(🆙)事件当(dāng )(💣)中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺(nuò )西斯(sī )(Gnosis)的攻击，并在冲突事件(jiàn )后消失，但事件(jiàn )的真(zhēn )相(🐈)却(què )(🔬)因(🍯)为(🔍)米尔奇亚的(🐌)消失而不为(wéi )人(🐅)知。在(zài )事件(jiàn )后，启动原始索哈尔(🐇)（后来人(rén )类(lèi )制造出了十二具(⛎)索哈尔模拟体，因此原有的(🔝)索哈尔(🍏)就被称之为(wéi )原(yuán )(🤠)始索哈尔）(👡)所(suǒ )需(🐼)的神之(🥈)语(yǔ )言、(🌲)原始索(suǒ )哈尔的研究(🔂)成果、米(🌸)尔(📳)奇(qí )亚的U.M.N.座标等事物，都(📛)被封存在(zài )Y资(zī )料当中，而Y资料又被封存(cún )在(zài )百式观测用(yòng )合成(💓)人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这(🈲)么(me )(😳)做(🥡)却引(yǐn )起(qǐ )了各方势(shì )(🚬)力对M.O.M.O.的争夺，因此(cǐ )星团(🐎)联(😍)邦(🏥)政府(游戏中统治(🎁)各行星的政府(fǔ )，英文名(💻)Galaxy Federation)雇(gù )(🏺)了一个名(míng )叫Ziggurat 8的生(shēng )化人(Cyborg)，以(🕳)保护M.O.M.O.的(📑)安全。　(😇)　另一方(🐩)面，在(☕)米(🕎)尔奇亚冲突事件结(🚌)束(🚩)后的十几年，也就是大约在(zài )游戏(xì )EPI开(kāi )始的(🚱)时候，当时最大(dà )(📊)的企业(yè )贝(🔅)克达公(gōng )司(sī )以(yǐ )对抗格(gé )诺西(xī )斯(🈴)侵(qīn )扰的名(míng )义，进(✉)行(háng )对格诺(nuò )西斯用战斗兵器(🐆)KOS-MOS的开发(🥗)计划(🔨)，但和(hé )当时(🕰)多使(shǐ )用(yòng )合成人(Relian)与(📢)生化人(Cyborg)的情况(🗣)所(🛹)不同(tóng )的是，KOS-MOS是(🐻)个(gè )纯(🔪)粹(cuì )的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计(🛴)划的(de )贝克达(dá )公(gōng )司第(🗝)一(😿)开发(🙃)局研究人(😯)员卯月紫苑，正乘着当(dāng )(🛹)时载有还没正式启动的(de )KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到(🏹)其太空船(😾)却被冲著索(suǒ )哈尔而来(lái )的格诺西斯所攻击(🦖)，而(🤛)KOS-MOS也(🎶)在此时(shí )突然启动，卯月(🏆)紫苑(yuàn )因而被(🚽)卷(juàn )入一(yī )(♌)连串(🍯)和(hé )格诺西斯及(📈)索哈尔有(yǒu )关的阴谋，以及会(huì )改变(🌂)人类命运(yùn )的(🕝)事件当中……