自西元20XX年，人类(lèi )从肯亚(yà )图(tú )尔卡纳湖的(🕋)湖畔(🕟)挖(wā )出(chū )(🛍)了一个名(míng )叫索(suǒ )哈尔(Zohar)的(🔬)物体(tǐ )之后，便开始对它进(⏬)行(🎲)研究，后来有人(rén )重建出(⚫)来所(suǒ )谓的“神之(zhī )(🗄)语言”，并(👁)建立电(diàn )脑程式(🛹)以启(🏐)动(dòng )原始(🕌)索哈尔(🎿)，进行(🗑)和上位领域的U-DO(上位领域当中(💞)的(de )红(hóng )色波动存在)连结的连结实验，但(❔)很不(bú )幸地，从上位领(lǐng )域流入下位(wèi )领域的能(🤠)量(liàng )造成了事象变移，使地球(游(⛏)戏中(zhōng )所谓的(de )“失落耶(⛳)路撒冷”)几乎(hū )完(🥕)从从(cóng )宇宙(zhòu )中“消(xiāo )失”，人类因(yīn )而被(bèi )迫(pò )逃亡(wáng )，离开地球。　　(🦇)到了四千年(nián )多后(⛏)，在故事(shì )开始(shǐ )前十五的T.C.4753年(🎥)，米尔奇亚行星(🤥)(Miltia)爆发了(💸)所谓的(de )米尔奇亚冲突事件(jiàn )(🔙)，在此次事件当中，米尔奇亚行(🚽)星(🎐)的人类疑似遭到(🎦)了格(gé )(🚻)诺(nuò )西斯(Gnosis)的攻(✖)击，并在冲(🚤)突事件后消失，但事件的真相却因为米(🌲)尔奇(qí )亚的消(🐱)失而不(bú )为人(🐅)知(zhī )。在事件后，启动原始索哈尔(🐇)（(♊)后来人类制造(🏆)出(🐣)了十二(èr )具索哈尔(🐸)模(🍈)拟(nǐ )体(🏗)，因此(cǐ )原有(yǒu )(♟)的(de )索哈尔就被(♈)称之为原始索哈(😂)尔）所(suǒ )需的神之语言、原(🌽)始索哈尔的研究成(🔰)果(🍂)、米尔奇亚的(🧔)U.M.N.座标等事物(wù )，都被封存(🏺)在(zài )Y资料当(dāng )中，而Y资料又(yòu )被封存在(zài )百(bǎi )式(shì )观(😯)测用合成人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的(🔘)意识内(👉)，然而这(zhè )么做却引起了(🐔)各方势力(🐊)对(duì )M.O.M.O.的争(zhēng )(☔)夺，因(yīn )(🚹)此(cǐ )星(🤩)团联邦(bāng )政(zhèng )府(游戏中统(😋)治(🎁)各行(🛺)星(xīng )(👂)的政(🗄)府，英文名Galaxy Federation)雇(🏺)了一个名(🔷)叫(🏰)Ziggurat 8的(de )生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的(de )安(😀)全。　　另(lìng )一方面，在(zài )米(mǐ )尔奇亚冲突事件(🥩)结束(🚩)后的(de )(😄)十(shí )几年(♈)，也就(jiù )是(shì )大(🎄)约在游戏EPI开始的时候(🍶)，当时(shí )最(zuì )大(📊)的企业贝克达公司(👄)以(yǐ )对抗格诺西斯(sī )侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的(de )开发(🥗)计(🔹)划，但(🗼)和(🀄)当时多使(🏟)用合成(🙂)人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况(🗣)所不同的(de )是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另(📥)一方面，在EPI开始(♑)时，参与KOS-MOS开发计(jì )划(huá )的贝(👪)克(kè )(🙊)达公司第一(yī )开(kāi )发局(jú )研究人员卯月紫(🕤)苑(yuàn )，正乘着当时(🥪)载有还没(méi )(🧀)正式(shì )启动(🚒)的KOS-MOS的(de )Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船(chuán )却被冲著索哈尔而来的格诺西斯(sī )所攻击，而KOS-MOS也在此(🔥)时突然(rán )启动，卯月紫苑因而被卷入一(yī )连(✝)串和格诺西(xī )(🤯)斯及(📈)索哈(👲)尔有关的阴(yīn )谋(móu )(📪)，以(🕗)及会改变人类命运的(🕝)事件当中……