自(🈯)西(🕕)元20XX年，人(rén )类从肯(📒)亚图尔(🍩)卡(kǎ )纳湖的(🕋)湖畔挖出了一个名叫(jiào )索哈尔(Zohar)的物体(tǐ )之(🐮)后(🥩)，便开始(📿)对它进行研究，后来有(📼)人重(🚤)建(jiàn )出(⚫)来所谓的(de )“神之语言”，并建立电(diàn )脑(nǎo )程式以启动(dòng )原(🐖)始索哈尔，进行和上位领(lǐng )域的(🚸)U-DO(上位领域当中(💞)的红色(sè )波动(dòng )(🧚)存在)连结的连结实验，但(❔)很不幸地，从上位领(lǐng )域流入下位(✋)领域的能(🤠)量造成了(le )事(👓)象(🙀)变移，使地球(游戏(xì )中所谓的“失落耶路撒(sā )冷”)几(jǐ )乎完从从(cóng )宇(yǔ )宙中“消失”，人类因而(❕)被迫逃(táo )亡，离开地球。　　到了四千(qiān )年多后(hòu )，在故事开(🃏)始(🌪)前十(🌼)五(wǔ )的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆(bào )(👵)发了所谓的米(🏃)尔奇(🏴)亚冲(📐)突事件，在此(🐖)次事(shì )件当(dāng )中(🔥)，米(🌸)尔奇(qí )亚(🏓)行星的(de )人类(lèi )疑似遭到了(le )(📤)格(🚻)诺(🍺)西(xī )斯(Gnosis)的攻击(jī )(🕺)，并在冲突事件(jiàn )(⛴)后消(❄)失(shī )，但事(shì )(🧥)件的真(🈳)相却因(yīn )为(wéi )米(🌲)尔奇亚的(de )消(xiāo )失而(ér )不为人知。在事(shì )件后，启(🛌)动原始索哈尔(🐇)（后来人类制造出了十(shí )二具索哈尔(🐸)模拟体，因此原有的索哈尔(ěr )就被称之为原(yuán )始索哈尔(😙)）所(suǒ )需的神之语言、原始(shǐ )索(suǒ )哈(hā )尔的研(🦄)究(jiū )成(🔰)果、米(🌸)尔(📳)奇亚的U.M.N.座标等事物(🃏)，都被封存(🏺)在Y资料(liào )当中，而Y资料(😕)又被封存在百(🔭)式观测(🆕)用合成人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意识(shí )内，然而这么(😳)做却引起(qǐ )了各(gè )方势力对M.O.M.O.的争夺(duó )，因此星团联邦政府(游戏中统治各行(🛺)星(xīng )的(💼)政府，英文名Galaxy Federation)雇了一(yī )个名叫(🏰)Ziggurat 8的(🌵)生(shēng )化人(Cyborg)，以(yǐ )保护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在米尔奇(qí )亚冲(chōng )突(tū )事件结束后的十几年，也(yě )(🏄)就是大约在游戏EPI开始(💽)的时候(🍶)，当(dāng )时最大(dà )(📊)的企业贝(bèi )(🔅)克(kè )达(🈳)公(😌)司以对抗(kàng )格诺(nuò )西(🧢)斯侵(qīn )扰(rǎo )的(🤥)名义(yì )，进行对(🎑)格(gé )诺西(🔹)斯(🦇)用战斗(dòu )兵器(🐆)KOS-MOS的(de )开发计(jì )划，但(dàn )和当时多使用合成人(rén )(Relian)与生化人(Cyborg)的情况(kuàng )所(suǒ )不同的(⚾)是，KOS-MOS是个纯粹(🧜)的(🔢)机械制(zhì )品(🚲)。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开(🐢)发(💺)计划的贝(bèi )克(🙊)达公司第一开发局(jú )研究人员(yuán )卯月紫(🕤)苑(yuàn )，正乘(chéng )着当时(shí )载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号(👷)太(🍶)空(🧛)船进(📚)行旅(👥)途。但没想到其太空船(😾)却(🏺)被冲(chōng )著索哈(😄)尔而(👫)来的格诺(nuò )西斯(sī )(❎)所攻击(jī )，而KOS-MOS也在此(🔥)时突然启动(dòng )，卯(🍉)月紫(zǐ )苑因而(ér )被卷(juàn )入一(yī )连串和格诺(nuò )西(🤯)斯及索哈(👲)尔有关(guān )(⏺)的(de )阴谋，以及(📣)会改变(🌂)人(✖)类命运的事件当(dāng )中(zhōng )……