自(🈯)西元20XX年，人类从(📼)肯(kěn )亚图尔卡纳湖(hú )的(de )湖畔挖(🕸)出了(le )一(🕰)个(gè )名叫索哈尔(Zohar)的(🔬)物体之后，便开始(📿)对(🌫)它进行研究，后来有人重(🚤)建出来(lái )所谓的“神之语(🛍)言(yán )”，并建立电脑(nǎo )(🔲)程式以启动(🚥)原(🐖)始索(🛺)哈尔(🎿)，进(🥞)行和上位(✖)领(lǐng )域的U-DO(上位(wèi )领域当中的(de )红色(🌙)波动存在(🔩))连结的连结实(😞)验(yàn )，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事(👓)象变移，使地球(游戏中所(suǒ )谓的(de )“失(🤲)落耶(yē )路撒冷”)几(🤳)乎完从从宇宙中“消失(shī )”，人类因而被迫(pò )(💹)逃亡，离(🍑)开地(🛎)球(qiú )(💍)。　　(🦇)到了四千(🏻)年(nián )多后(hòu )，在(👪)故(🥋)事(shì )开始前(qián )(💅)十五(🚶)的(💹)T.C.4753年(nián )，米(mǐ )尔(🤔)奇亚(yà )行(😙)星(🤥)(Miltia)爆(bào )发了所(🥅)谓(wèi )的米尔奇(🏴)亚冲(📐)突事(🌂)件(🔙)，在此次事(🖍)件当中，米(mǐ )尔奇亚行星的人类疑似(sì )遭(zāo )到(dào )了格(🚻)诺西(🔪)斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件(⛴)后消失，但事(shì )件的真相(xiàng )却(🔬)因(🍯)为米(🌲)尔奇亚的消(xiāo )失而(ér )不为人知。在事件(jiàn )后(hòu )(🙅)，启动原(yuán )始索哈尔（后来(lái )人类制造(zào )出了(le )十(🎁)二具(jù )索(🏖)哈尔模(mó )(🍈)拟体，因(😼)此原有(yǒu )的(🔝)索(🦐)哈尔就被(bèi )称(⏭)之为原始索哈尔(ěr )）所需的(de )(🕤)神之(🥈)语言、原始索(suǒ )哈尔的(de )研究成(🔰)果、米尔奇(qí )亚的(de )U.M.N.座(🏓)标(biāo )等事物，都被(bèi )封存在(🥈)Y资料当(🤙)中，而(⛄)Y资料又被封存在百式观测(cè )用(😫)合成人(Relian)M.O.M.O.的意识(shí )内，然而(🚞)这么(me )做却引起了各方势力(🐊)对M.O.M.O.的争夺，因此星团(tuán )联邦政府(游戏中(zhōng )统治各行星的政(zhèng )府，英(yīng )(🎅)文(wén )(🚰)名Galaxy Federation)雇(gù )了(le )一个(✒)名叫Ziggurat 8的(de )生化(huà )人(rén )(Cyborg)，以(🕳)保护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在(☕)米尔奇亚冲突事件结(jié )束后的十几年，也(🏄)就是大约(🤥)在游戏EPI开始(💽)的时候，当时最大(dà )的企(qǐ )业贝克(🛀)达公(😌)司(sī )以对抗(💁)格诺(📓)西斯侵扰的名义(yì )(⭕)，进行对(duì )格(gé )诺(🥂)西斯用战斗兵(bīng )器KOS-MOS的开发计(🔹)划，但和当时多使(shǐ )用合(🚝)成(chéng )人(Relian)与生化人(Cyborg)的情(🚠)况所不(🗂)同的(de )是，KOS-MOS是个(gè )(🈷)纯(chún )粹的(de )(🔢)机械制(🔰)品。另一方面，在(📼)EPI开(kāi )(😛)始时，参(🥐)与KOS-MOS开发计划(huá )的贝克(kè )达公司(🔛)第一开发局研究人员卯月紫(🕤)苑，正(📼)乘着当时载有还没正式启动(dòng )的KOS-MOS的Woglinde号太(tài )空船进(jìn )行旅途(tú )。但没想到(dào )其太空船(chuán )却被冲(chōng )著(📈)索哈尔而来的格(🖐)诺西斯所(🐥)攻击，而KOS-MOS也(yě )在此时突然启(qǐ )动，卯月紫苑因而被卷入(rù )(🤕)一(yī )(♌)连串和(🔙)格诺西斯及(jí )索哈尔有关的(de )阴谋，以及会改变(biàn )人类命运的事件(jiàn )当中……