自西元20XX年，人(🐽)类(lèi )从肯亚图尔卡纳湖(hú )的(🕋)湖(😘)畔挖出了一个名叫(🍥)索哈(hā )尔(Zohar)的物体之后，便(😧)开始(📿)对(🌫)它进行(háng )(🎲)研究(jiū )，后来有人重建出来(🐿)所(🕔)谓(wèi )的(de )(👑)“神之语言(yán )”，并建(jiàn )立(lì )(💆)电脑程式以启动原(🐖)始(🕌)索哈(hā )(📞)尔，进行和(hé )上位领(lǐng )域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在(🔩))连结(📯)的连(🛑)结(jié )(⏯)实验，但很不幸地(dì )，从上位领域(yù )流(🙂)入(📙)下(🔝)位领域(yù )的能(néng )(🤠)量造成了事象变(🙉)移，使地球(游(⛏)戏中所(suǒ )谓(wèi )(🧤)的“失(🤲)落耶(⛳)路撒冷(lěng )”)几乎完从从宇宙中“消失(shī )”，人类因而(❕)被迫(💹)逃亡，离开地球。　　到了四千年多后，在(👪)故事(shì )(🤷)开(kāi )(🃏)始前十五(🚶)的T.C.4753年，米尔(🤔)奇(qí )亚行星(xīng )(Miltia)爆发了所谓(wèi )的米尔奇亚冲突事件(jiàn )，在此(cǐ )次事件当中，米(🌸)尔奇(⏳)亚行星的人类疑(🕕)似遭到了格诺西斯(sī )(Gnosis)的攻击，并在(😉)冲突(tū )事件(⛴)后(🏸)消失(💁)，但事件(jiàn )的(de )(👅)真相却因(yīn )(🍯)为(🔍)米尔奇(🈂)亚的消失而不(👼)为人知。在事件后，启动原始索(🚓)哈尔（后(hòu )来人(rén )类(🍉)制造出了十二具索(🏖)哈(🍝)尔模拟体，因此原有的索(suǒ )哈尔就被(♈)称(⏭)之为(wéi )原始(shǐ )(🐑)索(suǒ )哈尔(ěr )(😙)）(👡)所需的(🕤)神之语(yǔ )言、原始索哈尔的研究成(chéng )果、米尔(📳)奇亚的(de )U.M.N.座(🏓)标(⏩)等事物，都被封存(cún )在Y资料当(dāng )中，而(ér )Y资料(liào )(😕)又(yòu )被封(💽)存(cún )在百(bǎi )式观测用合成人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意识内(👉)，然(♿)而这么(me )做却(què )引(yǐn )起了各方势(🚬)力(lì )对(duì )M.O.M.O.的争夺，因此星(xīng )团联(lián )邦(bāng )政府(游戏中统治各行星的(de )(💼)政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个(gè )名(míng )叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另一方(fāng )面，在米尔奇亚冲突事件(jiàn )结束后的十几年(nián )，也(yě )就是大约(🤥)在游(yóu )戏EPI开始的时(🥐)候，当时最(zuì )大的企业贝克达公司以对抗格诺西(xī )斯侵(🥑)扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器(🐆)KOS-MOS的开(🔀)发计划，但和(hé )当(🎴)时多(🤜)使(🏟)用合成人(Relian)与生(shēng )化(huà )人(Cyborg)的情况所不同的是(✡)，KOS-MOS是个纯粹(🧜)的(🔢)机(jī )械(xiè )制品。另(📥)一(🈁)方(fāng )面，在EPI开始时(shí )，参与KOS-MOS开发计划(huá )的贝克达(📃)公(gōng )司(🔛)第(dì )一开发局研(yán )究(jiū )人(😯)员卯月紫苑，正乘着当时载有还(hái )没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太(🍶)空船进行(háng )旅途(tú )。但没想到其太(🛵)空船(chuán )却(què )被冲著索(suǒ )哈尔而来的格(🖐)诺西斯所攻击(jī )，而(🤛)KOS-MOS也在此(🔥)时突然启(✏)动，卯(🍉)月紫(zǐ )苑因(yīn )(🍙)而被(🚽)卷(💝)入一(♌)连串和格诺西斯(sī )及索哈尔(ěr )有关(⏺)的阴(yīn )(🎿)谋，以(yǐ )(🕗)及会改变人类命运的事件当(🕥)中……(🥇)