自西(xī )元20XX年，人(🐽)类从(📼)肯亚(yà )图(tú )尔卡纳(nà )湖的(de )湖畔挖出(🛍)了一个名(🤴)叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进(⏬)行研究，后(hòu )来有人(😎)重(🚤)建出(chū )来所谓的“神之语言(yán )”，并建立电(✳)脑(🔲)程式以(yǐ )启动原始索哈尔(🎿)，进(🥞)行和(hé )上位领域的(🚸)U-DO(上(🤯)位领域当(🔊)中的红色波(bō )动存在)连结(📯)的连结实验，但(dàn )很不幸地(🎛)，从上(🥎)位领域流(liú )(🙂)入(📙)下(xià )位领域的能量造(zào )成了事象变移，使(shǐ )地球(qiú )(游(⛏)戏(🥫)中(zhōng )(🤷)所谓的“失落(luò )耶(⛳)路撒冷(👺)”)几(jǐ )(🤳)乎完(wán )从从(🐀)宇(yǔ )(🧟)宙中“消失”，人(🗳)类因而被(bèi )迫逃(💔)亡，离开地(🛎)球。　　到了四千(qiān )年多后，在故(gù )事开始(shǐ )(🌪)前(💅)十(🌼)五(wǔ )(🚶)的T.C.4753年，米尔奇亚行(háng )星(Miltia)爆发了(💸)所(suǒ )谓的米尔奇亚冲突事(🌂)件，在此次事件当中，米(mǐ )尔奇亚行星的人类疑似(sì )遭到了(le )格(gé )诺西斯(Gnosis)的(📬)攻击，并在(😉)冲突(tū )事(shì )件后(hòu )(🏸)消失，但事(🧥)件的真(zhēn )相(🐈)却因为米尔奇亚的消(🐱)失(🖱)而不为人(rén )知。在事件(🈸)后，启动原始索哈尔（(♊)后来人类制(🗒)造出(chū )了(🌒)十二具(jù )索哈尔模拟(🕌)体(tǐ )，因(yīn )(😼)此原(yuán )(🈺)有的(de )索哈(hā )尔(🍏)就被称之为原(yuán )始索(🖥)哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果(guǒ )、米(mǐ )尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在(zài )Y资料当中(zhōng )(💘)，而Y资料又(yòu )被(bèi )封(fēng )存在百式观测用(😫)合成(chéng )人(rén )(Relian)M.O.M.O.的意识内(👉)，然(rán )而这么做(🥡)却引起了各方(🔘)势力(lì )对(📻)M.O.M.O.的争(☔)夺，因(yīn )此星团联(lián )邦政府(游戏中统治各行星(xīng )的政府(fǔ )，英文(🚰)名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(😀)(Cyborg)，以(yǐ )保护M.O.M.O.的安(😀)全。　(😇)　另(🥖)一方面，在米尔(ěr )奇亚冲突事(🍀)件结束后的(de )十几年，也就是大约(🤥)在游戏(xì )(🐺)EPI开始(shǐ )的时候，当时最(zuì )大的企业贝克(kè )达(🈳)公司(sī )(👄)以对抗格诺西(🧢)斯侵扰的(de )名义，进行对格诺(nuò )西斯用(yòng )(😞)战斗兵(bīng )器(qì )KOS-MOS的开发计划，但和(🀄)当时多(🤜)使用合成人(rén )(Relian)与(yǔ )(📢)生(🐂)化人(📰)(Cyborg)的情况所(suǒ )(🛹)不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品(pǐn )。另一方面，在(📼)EPI开始时(shí )(🔋)，参与KOS-MOS开(kāi )发计(jì )划的(de )(🧔)贝克达公司第一开发(🙃)局(jú )研(🔼)究人员卯月(📘)紫苑，正(📼)乘着(zhe )(📿)当(dāng )时(🥪)载有(🤱)还没(méi )正式(⬇)启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进(jìn )行旅途。但没想(xiǎng )到(dào )其太空船(chuán )却被(bèi )冲著索(suǒ )(✨)哈(hā )尔而来的格诺西斯所(suǒ )攻(👼)击(🦖)，而KOS-MOS也(🎶)在此时突然(rán )启动，卯月紫苑因而(📲)被卷入一连(lián )串(🍯)和格诺西(🤯)斯及索哈尔(ěr )有关的阴谋，以及(📣)会改变人类(🐬)命(🍮)运的事件当(🕥)中……