自西(xī )元(🍅)20XX年，人类从(📼)肯亚图尔(🍩)卡(🔼)纳(🌰)湖的湖畔(🕟)挖出了(🔱)一个名叫索(🎺)哈尔(Zohar)的物体之后，便(biàn )开始对它进(jìn )行(háng )研究(jiū )，后(hòu )来有人重(🚤)建出来(🐿)所(suǒ )谓的(de )“神之(zhī )语言”，并(👁)建(🙍)立电脑程式(🛹)以(yǐ )启动原始索哈尔(ěr )，进行(háng )和上(🍮)位(wèi )领域的U-DO(上位领域当中的(de )红(hóng )色波动存在)连(🌚)结的(🚨)连结实验(yàn )，但很(hěn )不(bú )幸地，从上位领(💻)域(yù )流(liú )入下(🔝)位领域的能量造成(🙄)了事(shì )象(🙀)变移，使(shǐ )地球(游(⛏)戏中(zhōng )所谓的“失落(🕙)耶路(lù )撒(💠)冷”)几(jǐ )(🤳)乎(🎋)完从从宇宙中“消失(🕯)”，人类因而被迫(💹)逃亡，离开地(🛎)球。　　到(dào )(😊)了四千年多(duō )后，在故事开始前(qián )十五的T.C.4753年(nián )，米尔奇亚行(háng )星(Miltia)爆发了(le )所谓的米尔奇亚冲(chōng )突事(shì )件(🔙)，在此次事件当中，米尔(ěr )奇(qí )亚(🏓)行星的(de )人类疑(yí )(🕕)似遭到(🎦)了格诺(🍺)西(🔪)斯(Gnosis)的攻击，并在冲(chōng )突事件(jiàn )后消失，但事件的真相(xiàng )却因为米尔奇亚的消(🐱)失而不(👼)为人知。在事(💨)件后，启动(dòng )(🍾)原始索(suǒ )哈尔（后(👆)来(🔍)人类制造出了十(shí )二(🎆)具(jù )索哈(🍝)尔模拟(nǐ )体，因此原(yuán )有的(🔝)索哈尔就被(bèi )称之为(wéi )原始索哈尔）所需(🐼)的(🕤)神(⛱)之语言、原始索哈(hā )尔的研(yán )究(🔂)成果、米(🌸)尔(ěr )(📳)奇亚(🚔)的U.M.N.座标(biāo )等事物，都被(🏫)封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在(zài )百(🔭)式观测用(😫)合成人(Relian)M.O.M.O.的意(yì )识(shí )内，然而(🚞)这么做却(🎆)引(🖨)起了各(🔦)方(fāng )势力对M.O.M.O.的争(☔)夺，因此星(xīng )团联邦政府(游(⏫)戏(xì )中(📦)统治(🎁)各行星的政府，英文名(míng )Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的(de )安(ān )全。　　另一方面，在(☕)米尔奇亚(🤼)冲突事件(🥩)结(jié )束后的十(📀)几年，也就(jiù )是大(dà )约(🤥)在游(⏭)戏EPI开始的(de )时候，当时(🈶)最(📮)大的企(qǐ )业贝(🔅)克达(🈳)公(gōng )(😌)司以对抗(💁)格诺西斯侵(🥑)扰的名义，进(jìn )行(háng )对(🎑)格诺西(🔹)斯用战斗兵器(🐆)KOS-MOS的开(kāi )发计划(🔨)，但(dàn )和当(🎴)时(🕰)多使用合(hé )成人(📌)(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所(🛹)不同的是，KOS-MOS是个(gè )纯(chún )粹的(de )机械制(🔰)品。另一方面，在EPI开(kāi )始(♑)时(🔋)，参(🥐)与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一(yī )开发局研(yán )究人(rén )员卯月紫苑，正(📼)乘着当时(🥪)载(zǎi )有还没(méi )正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太(🍶)空船进(jìn )(📚)行旅(👥)途(🖱)。但(dàn )没(méi )想(xiǎng )到其(qí )太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所(suǒ )攻击(🦖)，而KOS-MOS也在(zài )(🥚)此时突然启动(🖖)，卯(mǎo )月紫苑因而被卷(juàn )(💝)入(rù )一连串(chuàn )和格诺西斯及索哈尔有关(guān )的阴谋，以及会改变人类命运(🕕)的事件当(🕥)中……