自西元(yuán )20XX年(nián )(⛲)，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖(hú )(😘)畔挖出了一个名(míng )叫(jiào )索(suǒ )哈(🔧)尔(Zohar)的物体之(🐮)后，便开始对它(tā )进行研究，后来有人(😎)重建(🖲)出来所(🕔)谓的“神之语(🛍)言”，并建(🙍)立电(✳)脑程式以(🚉)启动原始索(🛺)哈尔，进行和上位领(🙁)域(yù )的U-DO(上位领域当(dāng )中的红色波动存在)连(🌚)结的连结(⏯)实验，但很(💱)不(bú )幸地，从上(shàng )位(🥔)领域流(liú )入下位领域的能量(🤸)造(🌞)成了(le )(㊙)事(shì )象变(🙉)移，使地球(qiú )(游戏中所谓(wèi )的“失落(luò )耶路(lù )撒冷(lěng )”)几乎完从从宇宙中(zhōng )(🧣)“消失(🕯)”，人(rén )(🗳)类因(🈁)而被迫逃(💔)亡，离开地(🛎)球(qiú )。　　到了(le )(🈸)四千(qiān )年多(🌹)后(hòu )，在(👪)故事(shì )开始前十五的T.C.4753年(nián )，米尔奇(📧)亚行星(Miltia)爆(bào )发(fā )了所(🥅)谓的(de )米尔(🔞)奇(qí )亚冲突事(shì )件，在此(🐖)次事件当(dāng )中，米尔奇(⏳)亚行星的(🍁)人类疑似(😳)遭到(dào )了格诺(🍺)西(🔪)斯(Gnosis)的攻击(🕺)，并(🎴)在(zài )(😉)冲(chōng )(🚤)突(🚩)事(shì )件后(hòu )消失(shī )，但事(shì )件的真相却因(🍯)为米(mǐ )尔(ěr )奇亚的消失而不为人知。在(✒)事件后，启动原始(🎞)索(suǒ )哈(hā )尔（后来(🔍)人类(🍉)制造出了十二具索哈尔模拟体(tǐ )，因(😼)此原有的索哈尔就(jiù )被称(chēng )之为原始(shǐ )索哈尔(ěr )）所需的神(shén )之语言、原始(shǐ )索(🏒)哈尔的(de )研(🦄)究成果(guǒ )、米(🌸)尔奇亚(yà )的U.M.N.座标等事物(wù )，都被封存在Y资料(liào )(➿)当中，而Y资料又被封存(💍)在(🌄)百式(🙇)观测用(yòng )合成人(Relian)M.O.M.O.的(🔘)意(yì )(🤬)识(🚖)内，然而(ér )这么(me )做(🥡)却引起(🛍)了(🐔)各(gè )方势力对M.O.M.O.的争夺，因此(cǐ )星团联(😍)邦政府(游戏中统治各行星的政府(fǔ )，英文名Galaxy Federation)雇了一(yī )个名叫(jiào )(🏰)Ziggurat 8的(🌵)生化人(😀)(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另一方(🐩)面(miàn )，在米尔奇(qí )亚(🤼)冲突事件结束后的(😄)十(📀)几年，也就(👚)是大约在游戏(🐺)EPI开始的时候，当时最大(📊)的企(🚔)业(yè )贝克达公(gōng )司(👄)以对(duì )抗格诺(nuò )西斯侵扰的名(🔵)义，进(✉)行对格(gé )诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和(hé )当(🎴)时(shí )多(duō )使用合成(🙂)人(Relian)与(📢)生化人(Cyborg)的(🚁)情况所不(bú )同的是，KOS-MOS是个纯粹(cuì )的(de )机(🚊)械制品。另一方面，在(📼)EPI开始时(shí )，参与KOS-MOS开发计划的(de )贝克达公司(sī )(🔛)第一开发(fā )局研究人员卯月紫苑，正乘着当(dāng )时(🥪)载(zǎi )有(🤱)还没(🧀)正式启(qǐ )动的(de )KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想(xiǎng )到(dào )其太空船(chuán )却被冲(chōng )著(📈)索哈尔而来(💝)的(de )格(gé )诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此(cǐ )时(🐉)突然启动，卯月紫(zǐ )苑因而被卷入一(yī )连串(chuàn )和格诺西斯及索哈(👲)尔有(⛲)关的阴谋(📪)，以(🕗)及(jí )会改变人(✖)类命运(🕕)的事(🆔)件当中……(🥇)