自西元(yuán )20XX年，人类从肯亚图尔卡(kǎ )纳湖(hú )(🃏)的(🕋)湖畔(pàn )(🕟)挖出(🛍)了(le )一个(🤢)名叫索哈尔(Zohar)的(de )物体之(zhī )(🐮)后，便开(kāi )始(📿)对它进行(🎲)研(🎏)究(❣)，后来有人(rén )重建出来所(suǒ )谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动(dòng )(🚥)原始索哈(hā )尔(ěr )，进行(háng )和上位(✖)领域的(🚸)U-DO(上位(wèi )领域当中的红色波动(dòng )存在)连结的(🚨)连结(jié )实验(yàn )，但很不幸地，从上位领域流入(rù )下位领(lǐng )域(yù )的能量造成了事象变移，使地球(🈴)(游戏中所谓的“失(shī )落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙(🚴)中“消失”，人(🗳)类因而被(bèi )(💝)迫逃亡，离开地球(qiú )。　　到(dào )了四千(qiān )年多后，在故事开始前十(shí )五的T.C.4753年，米尔奇亚(🔍)行星(Miltia)爆发了(le )(💸)所谓的米尔奇(qí )亚冲突(🔎)事件，在(👄)此次事件(jiàn )当(dāng )中(🔥)，米(mǐ )尔奇(qí )亚行(🚽)星的人类疑似遭到了格诺西(xī )斯(Gnosis)的攻击(jī )，并在冲突(🚩)事件后消(xiāo )(❄)失(💁)，但事件的真相却因为米(mǐ )尔奇(🈂)亚的消失而不为人知(⛅)。在(zài )事件后，启动(dòng )(🍾)原始(shǐ )(🎞)索哈(hā )尔（后来人(rén )类(🍉)制造(zào )出了十二(🎆)具索哈尔模拟体(tǐ )，因(😼)此原(yuán )有的索哈尔就被称之为(wéi )原(yuán )始(🐑)索哈尔）所需的神之(zhī )语言(📸)、原始索哈(🎇)尔的(de )研(yán )(🦄)究(jiū )成果(🍂)、米(🌸)尔奇亚的U.M.N.座标等事物(wù )，都(dōu )被封存(cún )在Y资料当中，而(⛄)Y资(🤫)料又被(🍆)封存(cún )在百式观(guān )测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意(🤬)识内，然而(🚞)这么做却(🎆)引起了(🐔)各方(fāng )势力对(📻)M.O.M.O.的争夺(duó )，因此星团联邦政(zhèng )府(游戏(🙎)中统治各(⤴)行星(👂)的政(🗄)府(🌻)，英(yīng )文(🚰)名Galaxy Federation)雇了(😓)一个名(🔷)叫Ziggurat 8的生(🏃)化人(😀)(Cyborg)，以保护(hù )(🧗)M.O.M.O.的安(ān )(😀)全。　(😇)　另一(yī )(✝)方(fāng )面，在(☕)米尔奇亚冲突(📜)事件(jiàn )结束后的十几年(nián )，也就是(🚇)大约在(📘)游戏(🐺)EPI开(kāi )(👮)始的(de )时候，当时最大的(de )企业贝克达公司(👄)以对抗格(🔢)诺(📓)西斯侵(🥑)扰的名义，进行(háng )对格(📐)诺西斯(🦇)用(yòng )战(zhàn )(🙈)斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和(🀄)当时(🕰)多(duō )(🤜)使用(yòng )(🍚)合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所(🛹)不(🗂)同的(⚾)是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方(😣)面，在(📼)EPI开始时，参与(yǔ )KOS-MOS开发计划(🚱)的贝克达公司第一开发(🙃)局研(yán )究人(rén )员(yuán )卯(mǎo )月(📘)紫(🕤)苑，正乘着(zhe )当时载(zǎi )有还(🈶)没(🧀)正(zhèng )式启动的(🌨)KOS-MOS的Woglinde号太空船进(📚)行(háng )旅途。但没(méi )想到其(🕙)太(🛵)空船(chuán )却被(📫)冲著索(suǒ )哈尔而来的格(gé )诺西斯所攻(gōng )击(jī )，而KOS-MOS也在此时(shí )突然启(qǐ )动，卯月紫苑因而被卷入(🤕)一连串(chuàn )和(hé )格诺西斯及索哈尔(ěr )有(yǒu )关的阴谋，以及(📣)会改变人类命运的(🕝)事件当(🕥)中……