1999年(👷)，某(🆓)个东西被卡(kǎ )车(📒)运(yùn )出了(🍩)馆山市(shì )。几天后，哥斯(🕰)拉登陆了馆(🔧)山(shān )，特生自卫队(duì )出动与之展开了(le )苦(kǔ )战。在(🌫)战斗中，自卫队员家城茜（釈(shì )由美子 饰(shì )）(🤷)意外害(🎡)死了战(👁)友叶山(✳)二尉(🥄)（森末(mò )慎二 饰），自己却侥幸活(✖)了下来，并被(bèi )派去了资料(🐖)科。　(💞)　另(lìng )一(yī )方面，日本政府在柘植真(😞)智子首(shǒu )(❔)相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器(⛳)。他们以在馆(🐀)山冲挖(🧣)掘(🤖)出来的初代(dài )哥斯(sī )拉(lā )骨骼(💹)为基础(🥊)，用了四年(nián )制(zhì )成了(le )机(jī )(🈸)械哥斯拉——3式机龙。柘(💅)植首(shǒu )相辞(📟)职，由(yóu )科学技(jì )术(shù )厅长官(guān )五十岚(🔍)隼人（中(📛)尾(🔤)彬(bīn ) 饰(📸)）就任新首相。同(tóng )时，茜被派(📐)去(qù )了机龙队，担任机龙的操作(🌸)员(📞)。　　就在(zài )准备机龙测试(🎦)机动时，哥斯(sī )拉(lā )(🛃)又在(👩)东(🧘)京湾(wān )出(❓)现了(le )。机(jī )(💑)龙赶赴现场与(yǔ )哥斯拉(💁)对战(⏺)，却因哥斯拉(🔬)的吼声唤醒了(le )体内的野兽灵魂，突然(✒)暴(💨)走(zǒu )，在城市(shì )(🍾)中(🕵)造成(chéng )了大破(pò )坏。　　为(🗒)了(le )改良机(jī )龙，汤原改变了(🕌)机龙DNA计算机的(de )碱(jiǎn )构造(♈)，使机龙不会再受哥斯拉叫声(⛱)的干(gàn )扰。但由(👅)于对再次(🌶)暴走的担(dān )忧，五十岚迟迟(chí )不允(yǔn )许出动(dòng )机龙。　　哥斯拉再度出现在东(dōng )京(jīng )(🤙)湾，一路无视特生自卫队(🌄)的(de )攻(gōng )击(😯)来(🆕)到了品川，令(lìng )城市(shì )变成(🌟)了一片火(😎)海(hǎi )(🙂)。面对(duì )(❣)如(🕶)此情(🔘)景，五十岚终于同意让机龙出动。　　为(📻)了(🏈)打败哥(🍩)斯拉，机龙被(bèi )送到了品川。茜(😍)也抱着必(🍑)死的觉(📦)悟(wù )。机(jī )龙和茜的战(zhàn )斗(🀄)就这样(yàng )开(kāi )(🈹)始了(le )。