1999年，某个东西(🐽)被卡车运出了馆山市。几(jǐ )天后，哥(🔱)斯拉登陆了(le )馆(🔧)山(🎗)，特(tè )生自卫(wèi )队出动与之展开(🥩)了苦战。在(zài )战斗中，自卫队员(♑)家城(chéng )茜（釈由美子 饰）意(yì )(🗄)外害(🎡)死了战友(🙍)叶(yè )山二尉（森末慎二 饰），自己却(🗑)侥幸活了(le )下(xià )来，并(🚑)被(bèi )派去(qù )了资料科。　　另一方面，日本政府(fǔ )在柘植真智(zhì )子(🔢)首相（水(🌑)野(🎛)久美 饰）的指挥下，召集了汤(tāng )原德光（(㊙)宅麻(má )伸 饰(⛓)）(🎾)等科(🈴)学家开始研(👃)究对付哥斯(sī )拉的G兵器。他们以在(🕐)馆(guǎn )山(shān )冲挖掘出来的(🌮)初代(🗳)哥斯(sī )(🈁)拉(lā )骨(gǔ )骼(gé )为基础，用(👊)了(🛎)四年制成(🦇)了机械哥(gē )斯拉(🌹)——3式机龙。柘(zhè )植(zhí )首相辞职，由(yóu )科学(xué )技(🙎)术厅(🎥)长官五十岚(lán )隼人（中尾(🔤)彬 饰）就(jiù )任新(♌)首相。同时(🏃)，茜被派去了(le )机龙(lóng )(🌱)队(duì )，担任机龙的操作(zuò )员。　　就(🎐)在准备(👛)机龙测(cè )(👗)试机动(dòng )时，哥斯(sī )拉又(yòu )(⏺)在东京湾出现了(le )。机(jī )龙(lóng )赶赴现(xiàn )场与哥斯(sī )拉对战，却因哥斯(🐈)拉的吼(🔍)声唤醒了体内的野(💛)兽灵(líng )魂，突然暴走(🈸)，在城市中(🕵)造(zào )成了大(🐇)破坏。　　为(🗒)了(🏆)改(🐣)良(🌒)机(🎁)龙，汤原改变了(🕌)机(jī )龙(👔)DNA计算机(jī )的碱构(😻)造，使(shǐ )机龙不会再(zài )(😂)受哥斯拉叫声的(de )干扰。但(dàn )由于对再(🎆)次暴走的担忧，五十(shí )岚(lán )迟(chí )迟(chí )不(bú )允许出动(dòng )机龙(⏩)。　　哥(gē )斯(📛)拉再度(🏺)出现(xiàn )在东京湾，一路无视(😕)特生自卫队的攻击(😯)来到了品川，令城市变(biàn )成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同(tóng )(😳)意让(🎆)机龙出(🐔)动(dòng )。　　为了打败哥(🍩)斯拉，机龙(💙)被送(sòng )到(dào )了品(🚄)川。茜(qiàn )也(🏥)抱着必死(⏫)的(🙎)觉悟(😋)。机(⤴)龙(lóng )和茜的战斗就这样开(kāi )始(🐁)了(le )。