继续(👷)延(yán )续(🆓)上一季的剧情，原来穆德(dé )受(🃏)了骗(piàn )(😘)，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高(gāo )层(céng )，以(yǐ )潜(💤)入一个“作为一(🎲)个普通FBI特别探员(yuán )不该进入的(🎩)地(dì )(🤷)方”搜集需要的(de )资料。本季(🛹)发展越来越精(🛺)彩，一(yī )些没(méi )有被完(✖)全改造的(🖍)混血外星人联合起(qǐ )来抵抗殖民阴(yīn )(📎)谋。史考(🥁)莉被(bèi )绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾(🏂)蜜(🙌)莉(lì )。今年(nián )制(zhì )作小组甚至找(🎾)了(le )(⏰)两位知名(míng )科(kē )幻小说家(jiā )操笔，客串写出两集(🤳)剧本。另(🐀)外今年也(yě )有(yǒu )一(yī )集喜(👣)剧。整出(chū )(❕)X档案为了配合(👊)电影的(de )上映(🦇)，加(jiā )(🈸)入(➡)了一(yī )些角色及(👪)内(nèi )容，“辛迪(🌼)加”组织的阴谋越来(🙎)越明显，穆德再一次接(⏲)近事实的(de )真相(🥤)。穆德前(qián )女(🥅)友的出现也(🏴)对穆(mù )德与史(🔙)考(🌱)莉(👄)间的关(guān )系(xì )做(zuò )出(🔥)重大考验(yàn )。该季(🎐)结(jié )束于(yú )吸烟人烧毁了所有X档案卷宗(👩)。